前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。

　　故事讲述3个14岁的“鬼”孩子和她们的“胖次”的故事。

　　浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物

十二世纪的日本，正是藤原家族摄关政治的时代。自幼拥有不凡志向的平清盛，是白河法皇私生子平忠盛（中井贵一 饰）的儿子。虽然当时武士的身份低下，被贵族们所轻贱，但他和毕生的对手源义朝切磋砥砺，朝着强大武士的目标迈进。保元之乱爆发，清盛（松山研一 饰）和义朝（玉木宏 饰）旗帜鲜明地支持后白河天皇（松田翔太